首先，我们需要明确该项业务的会计处理需要遵循《企业会计准则》中关于长期股权投资的相关规定。

以下是甲公司该项业务的会计分录：

1. 发行股票的部分：

借：银行存款（或其他相应的现金等价物） 10000万元（1000万股 × 10元/股）
贷：股本（或实收资本） 10000万元
贷：资本公积——股本溢价 0（假设发行价格等于面值，没有溢价）

注意：这里不考虑股票发行的溢价部分，如果实际发行价高于面值，则需确认股本溢价。

2. 支付佣金和手续费的部分：

借：资本公积——发行股票费用 400万元
贷：银行存款（或其他相应的现金等价物） 400万元

这部分费用是发行股票所产生的费用，应当冲减资本公积。

3. 设备对价的部分：

借：长期股权投资——乙公司 5000万元（40000万元×25%）
贷：固定资产清理（或设备相应的科目） 1000万元
贷：其他业务收入（或资产处置收益） 1200万元

根据公允价值原则，设备以公允价值作为投资成本的一部分，同时确认相应的处置收益。

综上所述，甲公司取得乙公司25%股权的会计分录如上所述。需要注意的是，实际操作中还需考虑税金、评估增值等可能影响的相关因素，具体会计处理应结合实际情况和相关规定。

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