您好！关于您提出的问题，申请商标的代理费用在会计处理上通常不计入无形资产，而是作为当期的费用处理。以下是具体的会计分录方法：

1. **支付商标代理费时：**

借：管理费用——商标代理费（或其他相关费用科目）
贷：银行存款/现金

这笔分录反映了企业支付代理费用的情况，将费用记在“管理费用”科目下的“商标代理费”子目中。

2. **如果代理费用是预付的（即预先支付给代理机构）：**

借：预付费用——商标代理费
贷：银行存款/现金

当实际发生商标代理服务时，再进行以下分录：

借：管理费用——商标代理费
贷：预付费用——商标代理费

这样的处理可以反映出代理费用的实际发生时间。

至于是否将代理费计入无形资产，根据《企业会计准则》的相关规定，无形资产是指企业拥有或者控制的没有实物形态的可辨认非货币性资产。商标代理费属于获取商标这项无形资产过程中发生的费用，但本身并不构成商标的价值，因此不直接计入无形资产成本。商标本身在取得时，如果是通过购买而非自行注册，其成本（包括注册费、律师费等直接费用）可以计入无形资产。

需要注意的是，具体的会计科目和分录可能会根据企业的具体情况和会计政策有所不同，建议在实际操作中咨询专业会计人员或者依据企业内部的会计制度来确定。

希望我的回答能够满足您的要求，并且能够帮助到您。如果有其他会计相关问题，也欢迎继续提问。祝您工作顺利！