农村土地承包纠纷立案问题主要包括以下几个方面：

1. 立案标准不统一：不同地区对于农村土地承包纠纷的立案标准不同，导致一些纠纷无法得到有效解决。

2. 立案难度大：农村土地承包纠纷涉及到的证据较为复杂，需要相关部门进行调查取证，立案难度较大。

3. 立案时效性差：由于农村土地承包纠纷多为长期积累的问题，相关部门在立案时经常出现时效性差的情况，导致纠纷无法及时得到解决。

4. 法律适用不当：一些农村土地承包纠纷涉及到的法律法规适用不当，导致一些纠纷得不到有效解决。

为解决这些问题，需要加强相关部门的调查取证能力，统一立案标准，加快立案时效，完善法律法规，提高农民的法律意识和维权意识。同时，也需要加强对于农村土地承包纠纷的预防和管理，避免纠纷的发生。