A、军事设施占用耕地免征耕地占用税
D、按规定免征耕地占用税后，纳税人改变原占地用途不再属于免征情形的，应补缴耕地占用税
选项AD正确；
选项B错误：农村居民经批准在户口所在地按照规定标准占用耕地，建设自用住宅，可以按照当地适用税额标准减半征收耕地占用税；
选项错误C：铁路线路、公路线路占用耕地，减按每平方米2元的税额标准征收耕地占用税。根据实际需要，经批准后可以免征或者减征耕地占用税。