C、由项目主管部门或建设单位向负责验收的单位提出竣工验收申请报告
答案A不正确，规模较小、较简单的项目，可以一次进行全部项目的竣工验收。
答案B不正确，凡结构形式改变、工艺改变、平面布置改变、项目改变以及有其他重大改变，不宜再在原施工图上修改补充者，应重新绘制改变后的竣工图。由于设计原因造成的，由设计单位负责重新绘图；由于施工原因造成的，由施工承包单位负责重新绘图；由于其他原因造成的，由建设单位自行绘图或委托设计单位绘图，施工单位负责在新图上加盖“竣工图”标志，并附以有关记录和说明，作为竣工图。
答案D项不正确，竣工决算由建设单位编制。