D、工业企业准备将空置厂房对外出租，董事会已明确做出书面决议且持有意图短期不会发生变化
选项D正确：通常情况下，对企业持有以备经营出租的空置建筑物，如董事会或类似机构作出书面决议，明确表明将其用于经营出租且持有意图短期内不再发生变化的，即使尚未签订租赁协议，也应视为投资性房地产；
选项A错误：商务宾馆对外出租的客房是企业的经营场所，应当属于自用房地产；
选项B错误：房地产开发企业持有准备增值后转让的商品房属于企业的自有存货；
选项C错误：工业企业经营用土地使用权属于企业的无形资产。