首先，如果您已经拥有有效的执业医师资格证书，但在网上查询不到相关信息，通常情况下，这可能会影响到您变更注册的流程。以下是针对这一问题的详细解答：

1. 原因分析：
- 网上信息更新延迟：相关部门可能尚未将您的信息更新至数据库。
- 输入信息错误：您在查询时可能输入了错误的个人信息。
- 系统问题：可能是网上查询系统暂时出现故障或问题。

2. 解决办法：
- 确认信息无误：请检查您的个人信息及资格证书号码是否正确。
- 联系相关部门：如果信息无误，建议您联系当地卫生行政部门或医师协会，了解网上信息未显示的具体原因。
- 提交纸质材料：在未能在网上查询到信息的情况下，您仍可以按照相关规定，准备完整的纸质材料，提交至当地卫生行政部门进行变更注册。

3. 变更注册流程：
- 准备材料：包括有效的执业医师资格证书、身份证、原注册机构的解聘证明（如有）、新注册机构的聘用证明等。
- 提交申请：将准备好的材料提交至当地卫生行政部门。
- 等待审核：相关部门将审核您的材料，确认无误后，为您办理变更注册手续。

4. 注意事项：
- 在整个过程中，请确保所提供的信息和材料真实有效，以免影响变更注册的顺利进行。
- 保持与相关部门的沟通，及时了解办理进度。

综上所述，即使在网上查询不到相关信息，您仍然可以按照相关规定，提交完整的纸质材料进行执业医师证的变更注册。希望以上解答能够帮助到您，如有其他问题，请随时提问。祝您办理顺利！