您好！在工程预付款的计算中，确实需要从合同总价中扣减一些不属于承包人的费用。这些费用通常包括：

1. 暂列金额：这是业主在合同中预留的一笔费用，用于未来可能发生的特定工作或事件，如变更令、额外工程等。

关于您提到的费用：

- 安全文明施工费：这通常属于必须由承包人负责的费用，用以确保工程过程中的安全和文明施工。但是，如果合同中有特殊规定，将安全文明施工费作为暂列金额或其他不由承包人负责的费用，则应从预付款中扣减。

以下是详细的计算方式：

工程预付款 = (合同价 - 不属于承包人的费用) × 预付款比例

不属于承包人的费用通常包括以下几项：
- 暂列金额（如您提到的）
- 业主供应材料或设备的费用
- 业主直接支付给第三方的费用
- 预留的罚款或扣款等

对于是否扣减安全文明施工费，关键在于合同的约定。如果合同中明确规定安全文明施工费不由承包人承担，或作为暂列金额的一部分，则应该在计算预付款时扣减。

综上所述，在计算工程预付款时，应仔细审查合同条款，确认所有不属于承包人的费用，并按照预付款比例进行扣减。

希望我的回答能够帮助到您，如果还有任何疑问，请随时提问。我会耐心为您解答。祝工作顺利！