首先来说明一下，两者的概念。在职研究生是在职人士，不脱产学习，可以边工作边学习的读研形式，毕业后可以获得研究生证书。MBA即工商管理硕士，是硕士专业之一，多指专业硕士。这个专业可通过全日制研究生和在职研究生的形式来获得相关证书。从概念上看MBA和在职研究生都是硕士研究生，某种程度上存在一定包含关系。在职研究生包含MBA。
MBA是专业硕士，专业硕士普遍更加侧重实用，更多在于决策及实用管理技能的训练。而且大部分是在职人士，报考的都是在企业做管理或者希望做管理者，又或者是自主创业的老板，想增加管理能力。
在职研究生通常是学术性的硕士，跟读大学一样，能获得比本科更高的学历和学位。
如果就企业应聘而言,MBA比较有卖点，因为在职研究生更多的是学历学位层次比较高。实际专业能力，工作能力，更看个人应用如何。而MBA偏向与企业管理方面，实用性上普遍更强一些。当然既是在职研究生，又读了MBA专业那更好。