尊敬的提问者，您好！关于您所咨询的二级建造师考过水利工程和市政公用两个专业，是否可以分开注册的问题，以下是根据相关法规和规定进行的解答：

1. 根据我国《注册建造师管理规定》，二级建造师持有多个专业资格证的，可以进行多专业注册。

2. 对于不同专业的注册，可以根据个人的就业需要和实际情况选择分开注册或合并注册。

- 分开注册：即在不同时间段或不同机构，分别注册不同的专业资格。
- 合并注册：即将多个专业的资格合并在一起，在一家机构进行注册。

3. 针对您具体的专业，水利工程和市政公用，这两个专业属于不同的专业类别，因此，您完全可以根据自己的工作需要和职业规划，选择分开注册。

4. 分开注册的具体流程和所需材料可能因地区而异，建议您联系当地的住房和城乡建设部门或相关注册机构，获取最准确的注册指南。

5. 在注册时，请确保遵循以下原则：
- 确保注册信息真实、准确、完整。
- 遵守注册地的相关法律法规。
- 根据实际工作需要和专业特长，合理选择注册专业。

希望以上解答能够满足您的要求，并帮助您解决问题。如果还有其他疑问，欢迎随时提问，我会耐心为您解答。祝您工作顺利，生活愉快！