报关企业注册程序如下：
（一）申请人向企业所在地（以工商注册地为准）主管海关提出申请；
（二）主管地海关签收申请人递交的申请书及相关文件资料；主管海关在签收申请人递交申请的五日内作出是否受理决定并向申请人制发受理或不予受理决定书；
（三）如申请材料不齐全或者不符合法定形式的海关应当一次告知申请需要补正的全部内容；
（四）重庆海关在作出是否准予报关企业（跨关区分支机构）注册登记行政许可决定，向申请人送达行政许可决定书；
（五）申请人在收到海关《准予报关企业（跨关区分支机构）注册登记许可决定书》后应当到工商行政管理部门办理经营项目登记，并且自工商行政管理部门登记之日起九十日内到企业所在地海关办理注册登记手续；
（六）海关办理完报关企业（跨关区分支机构）注册登记手续后向企业核发《中华人民共和国报关企业注册登记证书》。
申请报关企业应当提交下列文件材料原件和复印件一式两份：
（一）报关企业注册登记许可申请书；
（二）《企业法人营业执照》副本或者《企业名称预先核准通知书》复印件；
（三）企业章程；
（四）出资证明文件复印件；
（五）所聘报关从业人员的《报关员资格证》复印件；
（六）从事报关服务业可行性研究报告；
（七）报关业务负责人工作简历；
（八）报关服务营业场所所有权证明、租赁证明；
（九）属外商投资企业的应当提交《中华人民共和国外商投资企业批准证书》复印件（此件在办理注册手续时递交）；
（十）国际货运代理企业应当提交《国际货运代理企业备案表》复印件（此件在办理注册手续时递交）。