首先，对于部队医生参加执业医师考试的情况，通常需要遵循国家卫生健康委员会及相关军队卫生部门的规定。根据目前了解到的信息：

1. 执业医师考试通常包含笔试和技能考核两部分。对于某些特殊情况的考生，比如部队医生，可能会有加试的要求。

2. 如果部队医生在参加执业医师考试时没有参加加试，但笔试成绩超过了国家规定的合格分数线，是否能拿到资格证书，取决于以下几点：

a. 当年的具体政策：每年考试的政策可能会有所调整，是否需要加试以及加试成绩在证书发放中的作用可能会有所不同。

b. 军队卫生部门的规定：部队医生可能还需要满足军队卫生部门的特定要求。

3. 通常情况下，如果没有加试要求或即使在加试缺考的情况下，只要主要考试科目成绩超过国家线，且满足了所有其他资格要求，考生是有资格获得执业医师资格证书的。

但是，为了避免误导，建议您：

a. 详细查阅国家卫生健康委员会发布的最新考试政策和规定。

b. 咨询所在部队卫生部门或上级主管机关，获取针对部队医生的专门指导。

c. 如果有疑问，可通过官方渠道进行确认，确保获得准确的信息。

总之，部队医生如果考试成绩超过了国家线，虽然未参加加试，但可能仍然有资格获得执业医师资格证书，具体情况需要根据最新政策及军队规定来确定。希望我的回答对您有所帮助，祝您工作顺利！