首先，您好！对于您的问题，根据我国的相关规定，毕业生档案在自己手中确实可能会对以后考建筑二级建造师产生一定影响。

以下是具体的解答：

1. 根据我国人事档案管理的规定，个人档案应当由具有档案保管资格的单位或个人负责保管。如果档案一直在自己手中，可能会被视为“死档”，这将影响到您在报考二级建造师等资格考试时的档案审核。

2. 在报考二级建造师时，考生需要提交一系列材料，其中包括个人档案。如果您的档案在自己手中，可能会在审核过程中遇到麻烦，甚至有可能导致无法通过审核。

3. 为了解决这个问题，建议您尽快将档案存放到具有档案保管资格的单位，如人才市场、人才交流中心等。存放档案后，您需要获取档案存放证明，以便在报考二级建造师时提交。

4. 在存放档案时，请注意以下事项：
a. 档案袋要保持完好无损，避免泄露个人隐私；
b. 档案存放单位要有资质，确保档案安全；
c. 办理档案存放手续时，携带相关证件，如身份证、毕业证书等；
d. 了解档案存放费用，避免产生额外负担。

5. 一旦将档案存放至合适的地方，并及时获取档案存放证明，您就可以按照正常的流程报考二级建造师了。

总之，为了避免影响您以后考取二级建造师，请尽快将档案存放至具有保管资格的单位，并办理相关手续。希望我的回答能对您有所帮助，如有其他疑问，请随时提问。祝您顺利考取二级建造师！