根据我国税法的相关规定，企业在计算应纳税所得额时，通常情况下，应当包含其在其他企业投资间接承担的所得税。以下是详细的解释：

1. 包含的原因：

a. 税法规定：我国《企业所得税法》明确规定，应纳税所得额是指企业在一个纳税年度内取得的所得总额，扣除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额。这里的“所得总额”包括了企业从各种来源取得的所得，包括投资收益。

b. 投资收益：企业在丙企业投资所获得的收益，属于企业的所得，按照税法规定，应当计入应纳税所得额。而投资间接承担的所得税，实际上是企业在丙企业所获得的收益中已经扣除的费用，因此，在计算应纳税所得额时，这部分所得税应当被包含。

2. 不包含的原因（但在大多数情况下，这种情况不适用）：

a. 特殊规定：在某些特定情况下，税法可能会对某些投资收益的税收处理作出特殊规定，允许企业在计算应纳税所得额时，不包含间接承担的所得税。

b. 投资损失：如果企业对丙企业的投资出现损失，且该损失可以在税前扣除，那么在这种情况下，间接承担的所得税可能不会被计入应纳税所得额。

综上所述，乙企业在计算应纳税所得额时，通常情况下应当包含其在丙企业投资间接承担的所得税。这是根据我国税法规定和投资收益的性质所决定的。希望这个回答能够帮助您解决这个问题，如有其他疑问，欢迎随时提问。