首先，关于您提出的问题，境外公司来华提供商务咨询并支付费用20万元，若合同约定增值税由支付方承担，这一费用确实属于公司的进项税。

1. **进项税确认**：
根据中国增值税法的规定，境内企业支付给境外企业的服务费用，如果该服务是在境内使用的，且境外企业在中国境内有常设机构或者代理人的，境内支付方可以对该笔费用中包含的增值税作为进项税额进行抵扣。

2. **为何未扣减**：
但是，在计算应纳增值税额时未扣减可能有以下几个原因：
- **税率不同**：商务咨询服务的增值税率与中国企业所销售商品或服务的税率不一致，导致不能直接抵扣。
- **抵扣条件限制**：若境外公司未在中国境内注册税务信息，或未提供合法的增值税发票，境内企业可能无法进行进项税的扣减。
- **政策规定**：根据某些特定时期的税法规定，对于境外提供的部分服务可能存在进项税不能抵扣的情况。
- **合同错误处理**：合同中虽然约定增值税由支付方承担，但实际上处理过程中可能由于理解偏差或操作错误，未将该笔费用作为进项税额进行扣减。

3. **注意事项**：
在处理这类问题时，企业应该仔细审查合同条款，确保按照当前税法规定正确处理增值税。同时，应当保留完整的税务凭证，如增值税专用发票等，以便在税务核查时提供依据。

总结，对于此类情况，建议公司财务部门在处理增值税扣减时，应与税务顾问或税务机关沟通确认，确保税务处理的合规性和准确性。

希望以上回答能够解决您的疑问，若还有其他问题，请随时提问。我会耐心为您解答。