您好！关于您提出的企业所得税计算问题，首先需要明确的是企业所得税和增值税是两种不同的税种，它们的计算方法和依据是不同的。

1. 企业所得税的计税依据是企业实际取得的收入减去相关成本、费用和税金后的所得额。也就是说，企业所得税是针对企业的净收入征税的。

2. 增值税是针对企业在销售商品、提供应税服务过程中实现的增值额征税的。增值税的计算公式为：增值税额 = 销售额 × 增值税率。

针对您的问题，所说的“企业所得税应纳税额应该是减掉增值税”这一说法是不准确的。在计算企业所得税时，并不直接减去增值税额。增值税是在商品销售环节产生的，与企业所得税的计算没有直接关系。

至于您提到的“差额是2000件的的增值税也是不对的”，这里可能存在一个误解。如果您的意思是指增值税是按照2000件商品计算的，那么需要明确的是，增值税的计算依据是销售额，而不是销售数量。因此，仅仅知道销售数量无法准确计算增值税。

以下是关于您问题的解答：

1. 企业所得税的计算不涉及增值税，请您确认计算企业所得税时是否正确扣除了相关成本、费用和税金。

2. 对于增值税的计算，请您提供具体的销售额和增值税率，这样才能准确计算增值税额。

希望以上解答能够帮助您解决问题，如果您还有其他疑问，请随时提问。我会耐心为您解答。祝您工作顺利！