位于市区的某制药公司为增值税一般纳税人，当年发生的其中部分具体业务如下：向境外股东企业支付全年技术咨询指导费120万元，境外股东企业常年派遣指导专员驻本公司并对其工作成果承担全部责任和风险，对其业绩进行考核评估。请问：该制药公司应缴的企业所得税是多少？

首先，需要明确的是，企业所得税的的计算基于应纳税所得额，而应纳税所得额是在收入总额的基础上减去可以在税前扣除的各种费用和损失后的余额。

根据您提供的情况，该制药公司向境外股东企业支付的技术咨询指导费能否在计算应纳税所得额时扣除，取决于以下几个条件：

1. 该费用是否与公司业务直接相关。
2. 费用是否真实、合理。
3. 是否符合税法规定的扣除标准。

通常情况下，如果支付给境外股东企业的技术咨询指导费是公司正常经营所需，且符合税法规定的相关条件，那么这笔费用应当可以在计算应纳税所得额时扣除。

以下是计算方法：

应纳税所得额 = 收入总额 - 成本费用 - 技术咨询指导费用 - 其他允许税前扣除的费用和损失

假设该制药公司的收入总额为X万元，成本费用及其他允许税前扣除的费用和损失为Y万元，那么：

应纳税所得额 = X - Y - 120万元

根据中国税法，企业所得税税率为25%。因此，如果上述条件均符合，该制药公司的企业所得税可以按以下方式计算：

企业所得税 = (应纳税所得额) * 25%

具体到您的案例：

企业所得税 = (X - Y - 120) * 25%

但是，具体计算还需要根据公司的实际情况和税法的具体规定来确定。例如，如果支付给境外股东企业的技术咨询指导费包含了不允许扣除的费用，或者超过了合理标准，那么这部分费用将不能在计算应纳税所得额时扣除。

最后，请您注意，实际操作中需要结合税法最新规定和具体业务情况，建议咨询专业的税务顾问或税务部门以获得最准确的指导和计算。

请注意，本回答基于一般情况提供指导，具体税务处理请以税法规定和税务部门解释为准。希望以上信息对您有所帮助！