一、增值税：

1. 包装物：在计算增值税时，销售商品时提供的包装物费用通常包括在内，作为销售收入的组成部分。但如果包装物是单独计价的，那么这部分费用也应单独纳税。

2. 罚息：增值税计税依据是销售额，罚息不属于销售额，因此不计入增值税的计算。

3. 运费：如果运费是销售合同中明确规定的，且由卖方支付，那么运费通常视为销售收入的一部分，需要计入增值税的计算。如果运费是由买方支付的，则不计入。

二、消费税：

1. 包装物：消费税的计税依据通常是销售金额，包括商品的价格和包装物费用。但如果包装物是单独计价的，那么这部分费用也应单独纳税。

2. 罚息：消费税的计税依据与增值税相同，不包括罚息。

3. 运费：消费税的计税依据通常不包括运费，除非运费是包含在商品销售价格中的。

三、资源税：

1. 包装物：资源税的计税依据通常是销售金额，包括商品的价格和包装物费用。

2. 罚息：资源税的计税依据不包括罚息。

3. 运费：资源税的计税依据通常不包括运费。

需要注意的是，税收政策可能因地区和时间而有所不同，具体计算方式请遵循当地税务机关的规定。如有疑问，建议咨询专业税务人员或税务机关。

希望以上回答能够帮助您解决问题，如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！