尊敬的提问者，您好！关于您的问题，这是因为我国增值税的征收实行的是“税不重征”的原则。以下是详细的解答：

1. 在我国，增值税是按照货物或服务的增值额来征税的。为了避免对一个经营环节重复征税，确保税负公平，我国实行了增值税进项税额抵扣制度。

2. 当企业进口货物时，通常需要在海关缴纳增值税。这部分在海关缴纳的增值税，实际上是货物的进项税额。

3. 企业在销售货物或提供服务时，需要向主管税务机关缴纳增值税。为了确保税负公平，避免重复征税，企业在计算应缴纳的增值税时，可以从销售税额中扣减已缴纳的进项税额，包括在海关处缴纳的增值税。

4. 因此，在向主管税务机关缴纳增值税时，需要扣减在海关处已交的增值税，这样计算出的应纳税额才是准确的，符合税法规定。

通过以上解答，希望您能完全理解为什么在向主管税务机关缴纳增值税时要把在海关处交的扣掉。如果您还有其他问题，欢迎继续提问，我会竭诚为您解答。祝您工作顺利！