老师好，请问1.公司转让专利权是500万以内不交税，500万以上扣除成本费用后减半征收吗？2.股权激励等待期内确认的成本费用，计算所得税时允许扣除吗？如果允许计入工资薪金总额吗？

尊敬的提问者，您好！以下是针对您提出的问题的详细解答：

1. 关于公司转让专利权的税务处理：
根据我国现行的税收政策，公司转让专利权的税务处理如下：
- 如果专利权转让收入在500万元以下，一般情况下是免征增值税的。
- 如果专利权转让收入超过500万元，那么在计算应纳税所得额时，可以扣除与专利权转让相关的成本费用。至于“减半征收”，这一说法可能指的是企业所得税的优惠税率。通常情况下，企业所得税税率为25%，但符合条件的小型微利企业可以适用20%的优惠税率，这可以被理解为“减半征收”。然而，具体是否能够适用优惠税率，还需要根据公司的具体情况以及当时有效的税收政策来确定。

请注意，这里提到的免征和扣除政策可能会随着税法的调整而变化，建议您咨询税务顾问或者查阅最新的税法文件以获取确切信息。

2. 关于股权激励的税务处理：
股权激励在等待期内确认的成本费用，在计算所得税时是可以扣除的。
- 如果股权激励计划被视同为工资薪金所得，那么在计算个人所得税时，可以将其作为成本费用在税前扣除。
- 至于是否计入工资薪金总额，要看股权激励的具体形式和税务规定。通常情况下，如果股权激励是在员工满足一定条件后授予的，且在等待期内已经确认成本费用，那么这部分费用在计算个人所得税时，可以作为工资薪金总额的一部分。

综上所述，以上回答基于我个人的知识和对税收政策理解，由于税法可能会有更新或变化，建议您在处理具体税务问题时，务必咨询专业的税务人员或者税务机关，以获取最准确、最权威的解答。

希望我的回答能够帮助到您，如果还有其他问题，欢迎随时提问。祝工作愉快！