首先，需要明确的是，通过虚假预付款来虚构收入是一种违反会计准则和法律法规的行为，不仅损害了企业的财务健康，也可能导致严重的法律后果。

对于你提出的具体会计分录问题：

1. 支付预付款时的分录：
- 借：预付账款
- 贷：银行存款

这个分录是正确的，表示企业用银行存款支付了预付款。

2. 收到库存商品时的分录：
- 借：库存商品
- 贷：预付账款

这个分录也是正确的，表示预付款用于购买了库存商品。

3. 确认收入时的分录：
- 借：银行存款
- 贷：主营业务收入

这个分录存在问题。因为实际上没有真实的销售发生，使用这种分录来确认收入是不恰当的。正确的分录应当反映实际的经济活动。

- 借：应收账款（如果是虚构销售给第三方）
- 贷：主营业务收入

成本结转时：
- 借：主营业务成本
- 贷：库存商品

这样的分录才符合一般的销售活动的会计处理。

关于检查：

1. 这种虚构收入的行为通常可以通过审计来检查。审计师会通过以下方式来识别问题：
- 对比分析银行流水与会计记录，确认现金流的真实性。
- 检查预付账款和库存商品的变动，确认交易的真实性。
- 分析收入和成本之间的匹配关系，寻找不符合正常经营模式的异常情况。
- 评估企业的内部控制有效性，寻找可能的漏洞。

2. 此外，税务部门也可能通过税务审计发现这种虚假交易，因为这种交易可能导致税前收入和税收的不匹配。

最后，提醒各位，遵守会计法规和职业道德是每位会计人员的职责，虚构收入不仅会导致职业信誉受损，还可能面临法律责任。希望我的回答能够帮助你理解这个问题，并避免采取不当的会计行为。