根据您提供的信息，甲公司签订的不动产租赁合同规定每两年根据过去24个月的消费者价格指数（CPI）进行调整。以下是计算租赁负债的详细步骤：

1. **初始租赁付款额确认**：
- 合同规定，租赁期开始日的CPI为125。
- 因此，第一年和第二年的租赁付款额为50,000元。

2. **计算CPI调整后的租赁付款额**：
- 假设在第三年的调整日前的24个月内，CPI上升了1%。
- 根据公式：调整后租金 = 原租金 x (1 + (新CPI - 基础CPI) / 基础CPI)。
- 调整后的租金 = 50,000元 x (1 + (1%)) = 50,500元。
- 您提到的50,125元似乎是基于不同的CPI变动计算得出的，这里我们使用1%作为示例。

3. **租赁负债计量**：
- 在租赁期开始时，甲公司应以未来租赁付款的现值作为租赁负债的初始计量。
- 在CPI调整后，甲公司需要重新计算未来租金的现值，并调整租赁负债的账面价值。
- 到了第三年，甲公司应以调整后的租金（如上计算得出的50,500元）为基础，计算剩余租赁期间的负债现值。

针对您的问题：

“甲公司应以每年50,125元的租赁付款额为基础计量租赁负债” 这句话并不完全准确。正确的做法是，甲公司需要根据实际的CPI调整计算出新的租赁付款额（如上所述的50,500元），并以此为基础重新计量租赁负债。

希望以上解释能够帮助您完全理解租赁负债的计算方式。如果有任何其他疑问，请随时提问，我会耐心为您解答。