一家公司是互联网商贸代购公司，小规模纳税人，在网上销售药品和化妆品。老板以个人的名义通关把货快递回国内，关税低于50元，不交关税，像这种成本应该是老板个人开票给公司计入成本，还是以代购外国的发票为成本？

首先，对于贵公司的情况，需要明确的是，无论货物的通关是以个人名义还是公司名义，只要涉及商业行为，都应当按照税法规定进行合规的税务处理。

1. 如果老板个人名义通关并代购的货物，其成本应当体现在公司的成本核算中。针对您的问题：

- **以个人开票给公司计入成本**：如果老板个人愿意对所购货物开具发票，那么公司可以依据这张发票将相应金额计入成本。但需要注意的是，个人开出的发票必须是合法有效的，且应当反映真实的交易情况。

- **以代购外国的发票为成本**：如果代购的外国发票是真实有效的，并且能够清晰反映交易的货物和金额，也可以作为计入成本的依据。但这里要强调，该发票也应当经过合法的税务认证。

2. 关于关税问题：

- 若关税低于50元，按照规定确实不需要缴纳关税。但是，即使不需要缴纳关税，货物成本的计算仍应包括该部分。也就是说，即使没有实际支付关税，在计算成本时，也应当把这一部分计算在内，以保证成本的真实性和完整性。

以下是具体的建议：

- **合规性**：确保所有计入的成本都有合法有效的凭证支持，无论是个人开票还是外国发票，都必须是真实交易的结果。

- **税务风险**：避免使用不合规的方式避税，长期来看，合规的税务处理对公司更有利，能够降低法律风险。

- **会计处理**：与专业会计人员沟通，按照会计准则和税法规定，正确处理成本入账。

总之，合理的成本入账方式是公司健康运营的基础，应当确保所有操作的合规性和透明性。希望我的回答能够帮助到您，如果有其他疑问，也欢迎继续咨询。