首先，对于企业的这种情况，账务处理需要遵循税法和会计准则的相关规定。以下是企业应当采取的步骤：

1. **确认原始预收款项的账务处理：**
当初政府部门预收企业的200万元，企业如果已经将该笔款项作为资产损失入账，那么在税汇算清缴时，税务机关进行了纳税调增，意味着企业当时未能将该笔损失在税前扣除。

- **原始入账：**
借：其他应收款——政府部门 200万
贷：相关损失科目（如：资产损失） 200万

2. **税务调增的处理：**
在所得税汇算清缴时，因为税务机关调增，企业应在税申报表中体现这一调整。

3. **政府退回预收款项的账务处理：**
现在，企业收到政府退回的200万元，应进行以下账务处理：

- **收到退款的账务处理：**
借：银行存款 200万
贷：其他应收款——政府部门 200万

- **所得税的纳税调减处理：**
由于当初的预收款项已经体现在了企业的损失中，现在退款回来，在所得税上应当进行调减处理。具体来说，在下一期的所得税汇算清缴时，企业应在税申报表中将该笔退款作为收入调减，从而减少应纳税所得额。

- **会计期间与税务期间的调整：**
若退款发生在会计期间和税务期间不一致的情况下，需要根据会计政策进行递延税款的处理。

4. **税务申报时的调减处理：**
在进行下一次所得税汇算清缴时，企业应在税申报表中体现该笔200万元的退款收入，调减应纳税所得额。

- **税务申报调整：**
在汇算清缴时，将200万元作为收入调减，以减少应纳税所得额。

请注意，以上处理方式是基于一般情况下的建议，具体账务处理还需要根据企业的实际操作、会计政策以及税法规定进行调整。建议在进行账务处理前，咨询专业的税务顾问或者会计师，以确保所有处理符合现行的法律法规和会计准则。

企业在处理此类事务时，应保持良好的记录和文档支持，以便在税务机关的审计过程中提供有效的证据。希望这些信息能够帮助企业解决问题。