根据我国的相关税法规定，通行费发票的税率通常为3%，这是因为自2016年5月1日起，我国全面实施营改增政策，将交通运输业纳入增值税的征收范围，通行费的税率被定为较为普遍的3%。

然而，以下情况下，通行费发票税率可能会为9%：

1. **一般纳税人开具的通行费发票**：一般纳税人按照增值税税率开具发票，对于道路通行费，他们可以选择开具税率为9%的增值税专用发票。这是因为一般纳税人在进项税额可以抵扣的情况下，需要按照更高的税率开具发票。

2. **政府还贷公路**：对于政府还贷公路的通行费，由于其性质的特殊性，可能会按照9%的税率开具发票。

3. **特定政策调整**：国家税法政策会有调整，不排除未来根据经济发展的需要，对通行费的税率进行调整，这种情况下，新的税率可能会是9%或其他税率。

理解这一点，提问者可以检查以下事项：

- **发票类型**：检查是否为增值税专用发票，一般纳税人开具的发票可能会有不同的税率。
- **开具方**：查看开具发票方的纳税人身份，一般纳税人和小规模纳税人在税率上有区别。
- **道路类型**：确认所通行的是否为政府还贷公路。

在大多数情况下，如果你是普通消费者，在通过收费站时获得的是3%税率的通行费发票。如果遇到9%的税率，建议你进一步核实上述几点，以确保符合税收政策规定。

希望我的回答能够帮助您完全理解通行费发票税率的差异问题，如果还有其他疑问，欢迎继续提问。祝您生活愉快！