首先，如果在存货盘点时发现粗存货成本比账面价值短缺1000元，这通常意味着存货的实际价值低于账面记录的价值。在这种情况下，需要进行会计调整分录以反映存货的真实价值。以下是具体的会计处理步骤：

1. 确定短缺原因：在做出会计调整之前，需要先调查短缺的原因，以确定是否为错误、损坏、盗窃或其他原因。

2. 进行会计调整：
- 借记“成本差异”账户：将短缺的金额借记到“成本差异”账户，这反映了存货价值的减少。
- 贷记“存货”账户：相对应地，将相同金额贷记到“存货”账户，减少存货的账面价值。

具体的会计分录如下：

借记：成本差异 1000元
贷记：存货 1000元

3. 分析和解释：在财务报表的注释中，应详细解释导致存货短缺的原因以及进行的会计调整。

请注意：
- 确保遵循企业会计政策和相关会计准则。
- 如果短缺是由于盗窃、损坏等非正常原因，可能还需要进一步的会计处理，如计入损益或其他相关账户。
- 在提交任何会计分录前，建议与财务经理或会计专业人士进行沟通，确保所有处理都符合法规和公司政策。

通过以上步骤，提问者应该能够正确理解并处理存货短缺的会计调整问题。如果在实际操作中遇到特定情况，建议咨询专业会计人员以获取具体指导。希望我的回答能对你有所帮助！