如果中药学职称考试报名系统提示“身份证号不合法”，可以尝试以下方法处理：

1. 检查身份证号码是否输入正确，确保没有输入错误的数字或字母。

2. 检查身份证号码是否过期或失效，如果过期或失效，需要更新身份证。

3. 如果以上两种情况都不是问题，可以尝试联系中药学职称考试报名系统的客服或管理员，寻求帮助解决问题。

4. 如果以上方法都无法解决问题，可以考虑更换身份证号码，或者选择其他的考试报名方式。