如果在临床执业医师考试网上缴费过程中重复扣款，可以通过以下方式进行退款：

1.联系支付平台客服：如果是通过支付平台（如支付宝、微信等）进行缴费的，可以联系支付平台客服，说明情况并提供相关证明材料，要求退款。

2.联系考试机构：可以联系临床执业医师考试机构，说明情况并提供相关证明材料，要求退款。考试机构会协调支付平台进行退款。

3.等待自动退款：有些支付平台会自动检测到重复扣款并进行退款，可以等待一段时间查看是否自动退款。

需要注意的是，退款可能需要一定的时间，具体时间取决于支付平台的处理速度。如果长时间未收到退款，可以再次联系支付平台或考试机构进行查询。