级别一样，都是正部级。但财政部是国家部委，国家税务总局是国务院直属机构。

理论上税务局和财政局是两个不同的单位,从中央来说,财政部属于国务院的组成部分,国家税务总局属于国务院直属机构,从历史上看,税务局是财政局的一个机构,但后来(具体年份不记得了)分离成两个不同部门.从现实来看,虽然它们是两个不同部门,但实际上国家税务总局出台什么重要文件还要请示财政部后才能决定.

1、中华人民共和国财政部是中华人民共和国负责财务的国务院组成部门。其前身为1949年10月1日成立的中央人民政府财政部。

2、国家税务总局，为中华人民共和国国务院主管税收工作的直属机构。1998年3月29日，国务院发布《国务院关于机构设置的通知》（国发〔1998〕5号）；同年6月22日，国务院办公厅关于印发《国家税务总局职能配置内设机构和人员编制规定的通知》，正式设置国家税务总局（正部级）。