D、51500÷（1+3％）×2％
选项D正确：甲企业是增值税一般纳税人，该设备购进时间为增值税转型（2009年1月1日）前，属于按照规定不得抵扣且未抵扣过进项税的固定资产；
因此甲企业转让该旧设备应缴纳的增值税=含税售价÷（1+3％）×2％；
选项ABC错误。