D、禁止在乡、村庄规划区内的乡镇企业建设占用农用地
本题考核的是城乡规划实施管理制度。在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，所以A正确。由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证，B正确。建设单位或个人在取得乡村建设规划许可证后，方可办理用地审批手续。C对。在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地，确实需要占用农用地的，应当办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证，D错。