D、此案应由甲施工单位住所地基层人民法院管辖
根据《民事诉讼法》规定,一方当事人向人民法院起诉的,坚持“原告就被告”原则,由被告住所地人民法院管辖。本案属于一般侵权案件,不属于中级人民法院级别管辖的案件,只能由甲施工单位住所地的基层人民法院管辖。