A、招标人可以向甲公司主张50万元的赔偿
联合体中标的,联合体各方应当共同与招标人签订合同,就中标项目向招标人承担连带责任。招标人可以向联合体中任一成员主张100万元的赔偿,该成员赔偿后,可以向其他成员主张承担其超出约定赔偿份额的部分,或者招标人也可以按照联合体协议中约定的比例分别向各成员主张赔偿额。所以，经过分析，选项A正确。