20万元～40万元
《建设工程质量管理条例》第五十八条规定，建设单位未组织竣工验收，擅自交付使用的，责令改正，处工程合同价款2%以上4%以下的罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任。本案例中，工程合同价款为1000万元，应处以20万元～40万元的罚款。