从证书上来看，政策改革前，非全日制MBA是单证，只有学位证而没有学历证，而政策改革后，无论是全日制还是非全日制最终都是颁发双证（研究生学历证书和硕士学位证书）。只是学历证书上学习方式一栏会标注全日制或非全日制，学位证书上两者相同、并无差异。
培养与考核
政策明确，“各培养单位须根据研究生学习形式和生源特点，制定全日制和非全日制研究生培养方案，坚持同一标准，保证同等质量。非全日制研究生教育将纳入学位授权点合格评估范围，非全日制研究生的学位论文也将纳入抽检范围。”
通过政策可以看出，从培养方案和最后的论文考核方面来看，两者近乎执行同一标准。
有人读了在职MBA不放心，又去读了一个全日制的；有人读了全日制MBA，之后又去读在职博的。其实，从最新的政策来看，两者招生考试，选拔难度，培养方案，授课师资和考核标准这五个方面，都执行相同的政策和标准，在质量上并无不同要求，因此两者的证书文凭与含金量上不会存在太大差异。
存在差异的是两者的学习过程
全日制MBA优势
可以有更充裕的时间参与课程的学习，更扎实的掌握管理理论和工具。
可以更多利用学校资源，参与或组织各类学生活动，积累资源，锻炼软技能。
可以将档案和户口迁入学校，就读时享有在校研究生相关待遇(不同高校，稍有差别)，毕业时可按政策申请当地的落户机会(不同省市要求不同)。
与普通高校应届毕业生就业计划，可以争取一些只开放“校招”的工作机会。例如：金融行业的量化分析岗位，咨询行业分析顾问岗位，大企业的管理培训生项目，国企事业单位招收应届生招聘项目等。
全日制MBA劣势
就读期间，没有固定收入;再加上需要支付一定的学费，并准备生活费，对财力上有一定的要求。
离开工作岗位，中断了行业上的积累。毕业后，要面临重新寻找工作的挑战。
非全日制MBA优势
保持现有工作，持续保持对行业内的关注及相关经验，资源的积累。
可以带着工作中的问题来学习，并迅速将学习到的知识应用到工作中去，解决工作上的问题，助力职业的提升。
财务上压力较轻。
非全日制MBA劣势
时间上压力较大，如何安排好学习、工作、家庭是个具有挑战的问题。
对学习能力要求较高，一般课程采用的是集中授课，如何在短期内掌握所学课程，也是需要考虑的问题。
所以，总结来说，证书无差别，学习过程有差异。具体选择哪种学习方式，还是根据自身的职业规划、经济状况、家庭情况来综合考量，选择最适合自己的。