临床医学是指学术型硕士，临床医学(专业学位)是指专业性硕士，两者区别如下：
1.培养方向不同 ：学术硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位； 专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
2.招生条件不同 ：
 学术硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历 专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历，绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等。
3.考试不同 ：
学术硕士的招生考试只有年初的"统考"，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。 专业硕士的招生考试有10月份的"联考"和年初的"统考"两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。

4.难度不同 ：
学术硕士的全国硕士研究生入学统一考试（统考）完全是严进宽出的代表。据统计，2005年研究生考试考生人数为117万，招生人数只有32万，录取比例为 3.7：1.北大、清华、复旦等名牌大学，以及微电子、信息科学、生物医药、世界经济、国际金融等热门专业，由于报考者众多，录取率更低。据了解，一些名校热门专业的录取比例甚至为70：1.而一些二流学校的冷门专业却年年招不满。因此，入学难度取决于考生报考的学校和专业。
专业硕士的招生考试有10月份的"联考"和年初的"统考"两次机会，考生可自行选择。这两大国家级别考试的专业考试，是由各招生单位自行命题、阅卷。不同专业的入学难度各不相同，热门专业相对难一些。例如，2004年上海复旦、交大、财大三所高校MBA的录取比例在6：1左右；2004年全国法律硕士录取率则不到10％。此外，"联考"和"统考"的难度也不一样，由于"统考"考生远多于"联考"考生，考试竞争激烈程度自然也大。不过，"联考"的考试虽容易，但录取时更看重申请者的工作背景和经验 .

5.学习方式不同 ：
学术硕士： 全日制学习。一般为3年。
专业硕士： 半脱产，学制2－3年。

6.学习费用不同 ：
  学术硕士录取为国家计划内（非定向、定向）的硕士生按国家规定享受免学费待遇。录取为国家计划外（委托培养、自筹经费）的硕士生须缴纳学费，一般为 8000元/年，不同专业有所不同。对于自筹经费生、特困生等考生可通过申请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费的压力。  专业硕士学费按照不同专业类别差别较大。例如，MBA的学费要十几甚至几十万元，而工程硕士的学费一般为3－4万元。专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款。
7.文凭颁发不同
  学术硕士同时颁发学位和学历证书。大多数专业硕士只授予学位证书，没有学历证书。但也有例外，例如工商管理硕士、法律硕士、临床医学硕士、建筑学硕士等，就同时颁发学位和学历证书。大体来看，"统考"生拿"双证"，"联考"生拿"单证".

8.全日制专业学位硕士研究生与学术型硕士研究生
  专业学位（professional degree），是相对于学术型学位（academic degree）而言的学位类型，专业硕士对大家来说或许很陌生，但说到MBA、MPA却是耳熟能详。其实，MBA、MPA正是专业学位中的两种类别。其目的是培养具有扎实理论基础，并适应特定行业或职业实际工作需要的应用型高层次专门人才。专业学位与学术型学位处于同一层次，培养规格各有侧重，在培养目标上有明显差异。学术型学位以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养高校教师和科研机构的研究人员为主；而专业学位以专业实践为导向，重视实践和应用，培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才，授予学位的标准要反映该专业领域的特点和对高层次人才在专门技术工作能力和学术能力上的要求。专业学位教育的突出特点是与职业性紧密结合，获得专业学位的人，主要不是从事学术研究，而是从事具有明显的职业背景的工作，如工程师、医师、律师、建筑师等。专业学位与学术型学位在培养目标上各自有明确的定位，因此，在教学方法、教学内容、授予学位的标准和要求等方面均有所不同。两类研究生在招生及调剂时按照"一视同仁，同等对待"的原则确定考生进入复试的分数标准。国家在确定今年考生进入复试基本分数要求时，将统筹考虑前期计划和新增专业学位招生计划需要，确定统一的考生进入复试基本分数要求（对专业学位研究生不另行制定标准）。

9.认可度不同 ：
  学术硕士：由于是全日制正规大学硕士毕业，拥有学历、学位双证，因此社会对这样的毕业生的认可度非常高。但企业在招聘时也会考虑到全日制硕士研究生的弱点：光有理论，经验 不足。特别对于硕士专业与本科专业方向完全不同，又从无相关工作经验 的求职者，企业会有所顾忌。建议这类毕业生通过实习、兼职或考职业证书来加强自身的竞争力。专业硕士：参加1月份统考的MBA能拿双证，而工程硕士目前只能拿学位证，因此对专业硕士的市场认可程度略有差异。当然，随着近几年专业硕士种类不断增多，报考人数连年上升，因此人气带动了市场效应，其认可度和求职地位也逐渐上升，很多企业不再苛求学历证书，而是更关注专业学位证书本身的含金量。