首先，关于执业医师考试连续两年未通过的情况，根据我国相关法规，考生在连续两次考试未通过后，第三次报名参加考试时，需要提交一份由具有执业医师资格的医疗机构出具的培训证明，这在一定程度上是为了确保考生能在专业环境中得到适当的培训与指导。

对于您提到的“三甲医院证明”，这并非硬性规定。实际上，需要的是由具有执业医师资格的医疗机构出具的证明，并不局限于三甲医院。这个证明主要是为了证实您在考试期间有在医疗环境中进行实践和培训。

以下是针对您情况的几点说明：

1. 虽然离开了医院，但如果您能在其他具有执业医师资格的医疗机构找到培训机会并得到相应的证明，那么这份证明同样是有效的。

2. 如果您暂时无法在医疗机构工作，可以考虑以下途径获取证明：
- 与之前的医院联系，看是否有可能提供相关证明。
- 寻找其他具有执业医师资格的医疗机构，如诊所、社区卫生服务中心等，看是否愿意提供培训机会并出具证明。
- 参加一些培训班或实习项目，以获得培训证明。

3. 在申请考试时，请仔细阅读当地卫生行政部门发布的具体要求，因为不同地区的政策可能有所差异。

总结：

不一定需要在三甲医院开具证明，关键是要找到具有执业医师资格的医疗机构出具相应证明。即使您目前已离开医院，仍可通过其他途径获得这份证明。请务必提前规划，以便顺利报名参加下一次执业医师考试。

希望我的回答能够解决您的疑问，如有其他问题，请随时提问。祝您考试顺利！