首先，恭喜您已经拥有二级建造师证，并且正在努力考取房地产估价师证。关于您的问题，以下是详细的解答：

根据我国相关法律法规，二级建造师证和房地产估价师证属于不同的职业资格证书，分别由不同的部门负责管理和注册。在实际操作中，以下是几点您需要了解的情况：

1. 初始注册：二级建造师证和房地产估价师证都需要进行初始注册。初始注册通常是指首次将证书注册到一家企业或单位，以便从事相关职业工作。

2. 同时在不同公司注册：根据目前的政策，二级建造师证和房地产估价师证可以在不同的公司进行初始注册。但是，这里需要注意的是，您需要确保在注册过程中遵守相关法律法规，避免出现以下情况：

a. 重复注册：即同一时间段内，同一证书在两家或以上公司注册；

b. 超范围执业：在未取得相应资质的企业从事与证书不符的工作。

3. 注意事项：在考虑同时在两家公司注册时，请务必了解以下事项：

a. 注册公司是否符合您所持证书的资质要求；

b. 注册公司是否了解您在其他公司持有相同证书的注册情况；

c. 是否存在潜在的利益冲突。

4. 咨询相关部门：为了确保您的操作合规，建议您在注册前向当地住房和城乡建设部门、人力资源和社会保障部门以及相关行业协会进行咨询，了解具体政策。

总之，根据目前的法律法规，您可以在不同的公司同时进行二级建造师证和房地产估价师证的初始注册。但在操作过程中，请务必遵守相关规定，确保合规合法。

希望以上回答对您有所帮助，祝您工作顺利！