尊敬的提问者，关于二级建造师挂证被查出后的处罚，以下是根据相关法律法规和实际案例总结的详细信息：

1. 法律效力问题：挂靠人与被挂靠企业之间签订的合作协议、分包协议或内部承包协议，在发生纠纷时，一般被法院认定为无效。这意味着，一旦发生问题，这些合同无法提供法律保护。

2. 具体处罚规定：
- 根据《中华人民共和国注册建筑师条例》，二级建造师如有以下行为之一，将被处罚：
（一）以个人名义承接注册建筑师业务、收取费用的；
（二）同时受聘于两个以上建筑设计单位执行业务的；
（三）在建筑设计或者相关业务中侵犯他人合法权益的；
（四）准许他人以本人名义执行业务的。
- 处罚措施包括但不限于：
- 停止违法活动；
- 没收违法所得；
- 处以违法所得5倍以下的罚款；
- 情节严重的，可以责令停止执行业务或者吊销注册建筑师证书。

3. 注册申请问题：
- 根据《注册建造师管理规定》：
- 第三十三条规定，若申请注册时隐瞒有关情况或提供虚假材料，将不予受理或注册，并给予警告，申请人1年内不得再次申请注册。
- 第三十四条规定，若以欺骗、贿赂等不正当手段取得注册证书，将撤销其注册，3年内不得再次申请注册，并处以罚款。若没有违法所得，罚款不超过1万元；若有违法所得，处以违法所得3倍以下且不超过3万元的罚款。

综上所述，二级建造师挂证被查出后可能面临警告、罚款、吊销证书、停止执行业务等严重后果，甚至可能涉及刑事责任。希望这些信息能够帮助您了解相关风险，遵守法律法规，切勿参与违法挂靠行为。如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！