尊敬的提问者，您好！

根据我国相关法规，对于在施工单位注册的建造师，同时在设计单位注册结构师的问题，答案是：可以分别注册，但需满足一定条件。

1. 注册条件：建造师和结构师都需要满足各自注册所需的专业学历、工作年限等条件。

2. 单位性质：建造师一般在施工单位注册，而结构师则通常在设计单位注册。

3. 注册类别：建造师和结构师的注册类别不同，可以在各自的单位进行注册。

4. 社保要求：目前，一级建造师注册必须配合社保。如果您在设计单位和施工单位都满足社保要求，那么可以分别在两家单位注册。

5. 执业范围：注册建造师和结构师的执业范围不同，建造师主要负责施工现场的管理，而结构师主要负责建筑设计方面的技术工作。

6. 注册变更：如果在注册过程中需要变更执业单位，应按照相关规定进行变更注册。

综上所述，您可以在施工单位注册建造师，同时在设计单位注册结构师，但要注意满足相关条件和规定。

希望以上解答能够帮到您，如有其他疑问，欢迎继续提问！祝您工作顺利！