竣工结算时不扣除罚款1万可能有以下几种原因：

1. 罚款原因与工程结算无关：如果罚款是因为与工程结算无关的事项，如行政罚款等，这部分罚款通常不会在工程结算中直接扣除。

- 例如：如果罚款是因为企业未按时办理某项行政手续而被处罚，那么这笔罚款不会算入工程结算。

2. 罚款已在其他环节扣除：有些情况下，罚款可能在工程进展过程中的某个环节已经被扣除了，因此在竣工结算时就不会再次扣除。

- 比如：如果是因为延误工程进度被罚款，这笔罚款可能已经在进度付款中扣除了。

3. 合同条款规定：根据双方签订的合同条款，某些特定情况下的罚款可能明确规定不在竣工结算中扣除。

- 合同中可能明确了罚款的用途或处理方式，如果规定罚款用于补偿其他损失或作为特定用途，则可能不在结算时直接扣除。

4. 罚款金额的争议或豁免：如果罚款金额存在争议，或者有豁免的情况，也可能导致在竣工结算时不予扣除。

- 例如：如果施工方在工程后期采取了补救措施，业主方可能决定豁免部分或全部罚款。

5. 管理不善或失误：也有可能是由于管理上的疏漏或计算错误，导致罚款没有被及时扣除。

为了确保您完全理解并解决问题，建议以下几点：

- 仔细审查合同条款，了解罚款的相关规定。
- 核对之前的付款记录，确认罚款是否已经被扣除。
- 如果有疑问，及时与财务部门或相关管理人员沟通，明确罚款的处理情况。

希望以上解释能够帮助您解决问题。如有其他疑问，欢迎继续咨询。