根据我国相关法律法规，二级建造师资格证书持有者在获得资格证书后需要在3年内申请初始注册。对于李某这种因故未能在3年内申请注册的情况，以下是详细的回答：

1. 如果李某在二级建造师资格证书有效期内（一般为5年）未申请注册，那么在3年后申请注册时，他首先需要进行初始注册。

2. 初始注册后，如果李某希望继续从事相关职业活动，且二级建造师资格证书仍在有效期内，那么在初始注册到期时，他需要按照规定申请延续注册。

3. 申请延续注册的条件、材料和程序与初始注册基本相同，但具体要求可能因地区和行业政策的不同而有所差异。

以下是针对提问者的建议：

1. 李某应尽快准备相关材料，向当地住房和城乡建设部门咨询具体的注册流程和所需材料。

2. 需要注意的是，二级建造师注册有效期为5年，如果在有效期内未申请延续注册，可能会导致资格证书失效。

3. 在办理注册手续时，务必遵循相关政策法规，确保申请材料的真实性和完整性。

希望以上回答能够帮助您解决问题。如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！