首先，对于您遇到的想要注销二级建造师证书但施工单位不配合的问题，我表示理解。以下是您可以采取的步骤：

1. **了解相关规定**：
- 在进行处理之前，请确保您了解相关的法律法规和注销二级建造师证书的具体流程。

2. **与施工单位沟通**：
- 再次与施工单位进行沟通，明确表达您要注销证书的合理诉求。尽量以书面形式（如邮件或信函）进行沟通，以留下沟通证据。

- 解释注销证书的原因，可能是个人职业规划调整，或是对工作环境的不适应等，尽量争取对方的理解和支持。

3. **准备必要材料**：
- 准备好所有办理注销手续所需要的材料，如身份证、二级建造师证书原件、相关申请表等。

4. **上级部门反映**：
- 如果施工单位仍然不配合，您可以向上级建设行政主管部门反映情况。根据中国的相关法规，行政部门有责任监管此类事务。

- 在反映问题时，提供您与施工单位的沟通证据以及相关证件材料，以便上级部门能够及时处理。

5. **法律途径**：
- 如果通过上述途径仍旧无法解决问题，您可以考虑寻求法律帮助。咨询专业律师，了解您的权利，并探讨是否可以通过法律途径强制注销证书。

6. **注意保存证据**：
- 在整个过程中，请确保保存所有与注销证书相关的书面材料和沟通记录，这些证据在后续处理中可能会发挥重要作用。

7. **耐心等待**：
- 注销证书的流程可能会有些漫长，需要您保持耐心，同时持续关注事态进展。

请您根据以上步骤进行处理，希望您的问题能够得到妥善解决。若还有其他疑问，欢迎随时提问。祝您一切顺利！