1、考试组织机构不同：

报关等级考试是中国报关协会对参加考试人员的基本报关知识和报关业务技能进行的综合评价和量化分析。海关总署组织全国统一的报关员资格考试，制定考试大纲和统一命题，指导和监督地方海关具体实施考试，组织试卷，公布考试结果，管理报关员资格申请审查和报关员资格证书颁发工作。

2、作用不同：

为企业在高职院校选人用人、培养后备人才提供客观、量化的标准，加强报关行业自律，提高报关从业人员的专业素质，提高报关质量，报关员考试机构的报关证书是《报关员资格证书》，是报关员依法必须取得报关员资格的证明。

3、申请条件不同：

报关资格证书申请人应当具备下列条件：具有中华人民共和国国籍；具有18周岁以上完全民事行为能力；大专以上学历，明年普通高校毕业生可以报考。

报关员等级考试证书的考试条件为：拟从事报关职业的大学生和社会人员；从事报关职业但未取得报关员资格证书的人员。