我未遇到过这样的情况，但是好象听说过分次申报的需要进行分割。具体分割操作方法不是很清楚，是否需要填制分割单或者是否需要在申报软件上填报哪一项？建议你给有关出口退税培训部门打电话咨询。或给出口退税的专管员打电话咨询。因为你本次申报时要将报关单上交给税务部门的，下次你在申报时就没有报关单了。所以一定会对此有相关规定和办法的，不要自行操作，以免影响你下次申报退税。
如果开来的专用发票此次只报一部份，也是需要进行分割的。
如果有分割申报的，还要提醒注意的是，一定要留下相关单证的复印件和分割单。