保荐代表人执业证书如果不在证券机构挂职，并不会自动作废。根据我国相关法律法规，保荐代表人执业证书的有效性，取决于其是否按规定参加继续教育和年度考核，而不是仅仅依赖于是否在某家证券公司挂职。

以下是详细的解释：

1. 持有执业证书的保荐代表人，即使暂时不在证券机构挂职，只要按照规定参加继续教育和年度考核，其执业证书仍然有效。

2. 根据《证券法》和《保荐业务监管办法》，保荐代表人应当持续具备从事保荐业务所需的专业知识和能力，因此即使不在证券机构工作，也需要保持自身的专业水平。

3. 如果保荐代表人长期不从事证券业务，也没有参加规定的继续教育和年度考核，那么其执业证书可能会被认定为不符合持证要求，从而可能导致证书作废。

4. 如果保荐代表人打算重新入职证券机构，需要确保自己的执业证书仍然有效，以免影响重新挂职。

总结：保荐代表人执业证书不在证券机构挂职不会自动作废，关键是要遵守相关法律法规，按时参加继续教育和年度考核，保持专业能力。这样，即使暂时不在证券机构工作，也不会影响执业证书的有效性。

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