中级安全工程师需要掌握的理论知识包括：

1.计算机网络安全原理：包括网络攻击类型、网络安全威胁、安全防御技术等。

2.密码学基础：包括对称加密、非对称加密、数字签名、哈希函数等基本概念和算法。

3.操作系统安全：包括操作系统安全机制、操作系统漏洞、操作系统攻击技术等。

4.应用程序安全：包括Web应用程序安全、移动应用程序安全、桌面应用程序安全等。

5.数据库安全：包括数据库安全机制、数据库漏洞、数据库攻击技术等。

6.物理安全：包括数据中心、服务器房、机房等物理环境的安全措施。

7.安全管理：包括安全策略、安全规划、安全评估、安全培训等管理方面的知识。

8.法律法规：包括计算机相关法律法规、信息安全管理体系标准等。

中级安全工程师需要掌握以上理论知识，并能够将其应用到实际工作中，提供安全解决方案、制定安全政策和规范，并能够有效地管理和维护安全系统。