首先，关于甲类中间仓库在二层丙类厂房中的设置问题，根据中国现行的《建筑设计防火规范》（GB50016-2014）：

1. 甲类中间仓库应当设置在厂房的首层。这是因为甲类仓库属于易燃易爆物品存放区，为了便于火灾时的紧急疏散和扑救，以及考虑到安全疏散的需要，应尽量设置在建筑物的首层。

对于二层设置的丙类厂房，若在其中设置甲类中间仓库，应遵循以下原则：
- 首选首层设置，若条件限制，需要在二层设置时，应严格按照防火规范要求，采取严格的安全隔离措施和防火分隔措施。

2. 至于甲类厂房的设置：
- 甲类厂房由于其火灾危险性和爆炸危险性，通常应独立设置，避免与其他类别的厂房混合建设。
- 若必须与其他类别的厂房共建，甲类厂房也应位于首层，并采取有效的防火分隔措施，确保安全。

以下是回答的详细解释，以确保提问者能够完全理解：

- **安全规定考虑**：甲类仓库存储的是易燃易爆物品，安全规定严格。设置在首层有利于火灾时人员的快速疏散和消防人员扑救。
- **建筑规范遵循**：《建筑设计防火规范》对甲类仓库的位置有明确规定，必须遵守以保障建筑安全。
- **实际操作建议**：在设计时，应考虑实际操作的可能性，比如运输、疏散、消防设施的布局等，这些都是决定仓库设置位置的重要因素。

总结：

在回答您的问题时，我们遵循了国家现行的防火规范，并考虑了安全与实际操作的需求。甲类中间仓库在二层丙类厂房中应优先考虑首层设置，若不得不在二层设置，必须采取额外的安全措施。甲类厂房则应独立设置，并尽量位于首层。

请您在设计或建设过程中，务必按照相关规范执行，确保建筑安全。如有其他疑问，欢迎继续提问。祝您工作顺利！