参考答案

(1)甲与乙签订的用水合同设定了地役权。根据《物权法》规定，地役权是指土地上权利人（包括土地所有人、地上权人以及土地的承租人），为了自己使用土地的方便或者土地利用价值的提高，通过约定得以利用他人土地的权利。本题中，甲通过合同约定利用乙承包地内的水井取水灌溉，这是为了提高自己的果园的利用价值，因此构成了地役权。地役权自合同生效时设立。
(2)甲与乙签订的用水合同有不合法之处，用水合同约定的期限不符合规定。根据《物权法》规定，地役权的期限由当事人约定，但不得超过土地承包经营权、建设用地使用权等用益物权的剩余期限。本题中，乙承包的菜地承包期为5年，而合同约定的地役权期限为10年，超过了承包期，所以不符合规定。
(3)乙拒绝丙继续从其承包地水井取水不合法。根据《物权法》规定，以土地承包经营权、建设用地使用权等转让的，地役权一并转让，但合同另有约定的除外。本题中，甲将果园承包权转让给丙，丙同时享有地役权。
(4)甲不可以将该取水的权利单独转让给丁。根据《物权法》规定，地役权具有从属性和不可分性。地役权不得与需役地相分离单独转让，不得单独设定抵押。地役权不得与需役地的所有权或使用权相分离，作为其他权利的标的。