您好！关于您提出的问题，根据我国相关税法规定，在转让不动产时进行预扣预缴的差额计算，通常是指减去购入价款之后的净收益。以下是详细的解释：

1. 预扣预缴税款：在不动产转让过程中，根据税法规定，买方有义务在支付转让价款时代扣代缴卖方的应纳税款。这里主要涉及个人所得税和营业税。

2. 差额计算：预扣预缴的差额通常是指转让收益减去购入价款。也就是说，计算预扣预缴税款的基础是转让不动产所获得的净收益。

3. 契税问题：契税是在不动产转让过程中由买方支付的，属于购买不动产的成本。在计算预扣预缴的差额时，通常不考虑契税。

例如：您购买不动产时的成本为100万元（含契税），转让时售价为150万元，那么预扣预缴的差额计算基础为50万元（150万元 - 100万元）。

4. 计入成本的契税：在计算个人所得税或营业税的应纳税所得额时，购入不动产时支付的契税可以作为成本予以扣除。但在预扣预缴环节，通常不单独考虑契税。

综上所述，对于您的问题，差额计算在预扣预缴时主要是减去购入价款，不包括计入成本的契税。

希望这个回答能够解决您的疑问，如有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！